Андрей Анатольевич Алексеенко родился в 1971 году в Красноярске. В 1993 году закончил Красноярский политехнический институт по специальности — тепловые электрические станции. В 2017 году защитил диплом Академии народного хозяйства при Президенте РФ по программе МВА по специализации «Предпринимательство и управление компанией».
Трудовой путь начал в 1992 году с машиниста-обходчика по котельному оборудованию. Работал на Красноярской ТЭЦ-2 мастером по ремонту котельного оборудования и пылеприготовительных цехов, начальником котельного цеха, главным инженером по ремонту тепломеханического оборудования.
В период 2010-2013 годов работал в группе Сибирской генерирующей компании, занимал руководящие должности в АО «СИБЭР». После этого трудился заместителем генерального директора по производству «РЭП-инжиниринг», первым заместителем генерального директора по развитию бизнеса «Дитсманн». Там Андрей Алексеенко разрабатывал и реализовал проекты по созданию энергосервисного предприятия в Болгарии, а также стратегию сервисного обслуживания компании Энел в России.
Женат, воспитывает троих детей.
Ранее Единым исполнительным органом (ЕИО) для Приморской ГРЭС стала Сибирская генерирующая компания (входит в группу СУЭК).